相続登記の登録免許税が免税になる2つの措置｜100万円以下の土地・数次相続の中間登記と申請書の書き方

「祖父名義のままの土地を、父を経由して自分の名義にしたい。登録免許税はいくらかかるのだろう」「山林や原野の小さな土地が何筆もあるが、評価額が低いのに税金を払う必要はあるのか」——相続登記の義務化をきっかけに、長く放置されていた土地の名義を整理しようとする方が増えています。その際に気になるのが、登記のたびに納める登録免許税です。

相続による所有権移転登記の登録免許税は、原則として固定資産評価額の0.4%です。ところが、一定の要件を満たす土地については、登録免許税がかからない（免税になる）措置が設けられています。根拠は租税特別措置法第84条の2の3で、①相続登記をしないまま亡くなった方を名義人とする登記の免税と、②価額が100万円以下の土地の相続登記の免税という、2つの措置が定められています。

この免税措置は、申請する側が登記申請書に根拠条文を記載しなければ適用されません。知らずに申請すると、本来は納めなくてよい税金を納めることになります。本記事では、①免税措置の全体像 → ②数次相続の中間の登記の免税 → ③100万円以下の土地の免税 → ④登記申請書への書き方と還付 → ⑤評価額の調べ方と義務化との関係という流れで、手続きの実務に沿って整理します。

目次

第1章　相続登記の登録免許税と2つの免税措置の全体像
第2章　措置①　相続登記をしないまま亡くなった方の名義にする登記
第3章　措置②　価額が100万円以下の土地の相続登記
第4章　登記申請書への書き方と、書き忘れた時の還付
第5章　評価額の調べ方と、相続登記義務化との関係
第6章　よくある質問（Q&A）
まとめ

第1章　相続登記の登録免許税と2つの免税措置の全体像

通常の登録免許税は固定資産評価額の0.4%

登録免許税は、登記を受ける時に国に納める税金です。相続による所有権移転登記の場合、課税標準（税額計算のもとになる金額）に0.4%を掛けて計算します。課税標準となるのは、市区町村の固定資産課税台帳に登録された価格、いわゆる固定資産評価額です。実際に売買される価格や相続税評価額（路線価）ではない点に注意が必要です。

計算にあたっては、課税標準の1,000円未満を切り捨て、算出した税額の100円未満を切り捨てます。また、計算した税額が1,000円に満たない場合は、1件につき1,000円を納めるのが原則です。そのため、評価額がごく低い土地でも、免税の対象でなければ最低1,000円はかかります。

免税となる2つの措置

租税特別措置法第84条の2の3は、所有者不明土地の発生を抑え、相続登記を促すために設けられた特例です。平成30年度（2018年度）の税制改正で創設され、その後の改正で対象の拡大や期限の延長が重ねられてきました。内容は次の2つに分かれます。

どちらの措置も、適用期限は2027年3月31日までに受ける登記とされています（2026年9月時点）。令和7年度（2025年度）の税制改正で、それまでの期限から2年間延長されました。今後の税制改正で再び延長・変更される可能性もあるため、申請の時点での取扱いを確認することが大切です。

建物は免税の対象外

2つの措置は、いずれも土地に限った特例です。建物の相続登記は、評価額がいくら低くても免税にはなりません。築年数の古い木造住宅などで評価額が数十万円程度であっても、通常どおり評価額の0.4%（最低1,000円）の登録免許税がかかります。土地と建物をまとめて申請する場合は、土地部分だけが免税になり、建物部分は課税されるという形になります。

第2章　措置①　相続登記をしないまま亡くなった方の名義にする登記

数次相続とは

相続が開始したのに名義を変えないまま、相続人も亡くなり、次の相続が重なっていく状態を数次相続といいます。たとえば、祖父が亡くなって父が土地を相続したものの、父が登記をしないまま亡くなり、今度は子が相続するというケースです。この場合、登記簿上の名義は祖父のままで、祖父から父、父から子へと、順番に名義を移していく必要があります。

中間の方を名義人とする登記が免税になる

措置①は、この数次相続の中間の登記を免税にするものです。具体的には、相続によって土地の所有権を取得した個人（上の例では父）が、その相続登記を受ける前に亡くなった場合に、その個人を名義人とするための所有権移転登記（祖父から父への登記）について、登録免許税が課されません。土地の評価額に上限はなく、評価額が高い土地でも対象になります。

計算例｜祖父から父、父から子への登記

固定資産評価額が2,000万円の土地で、祖父から父、父から子へと2回の相続登記を行う場合を考えます。措置①の対象となるのは、亡くなった父を名義人とする1回目の登記です。2回目の、子を名義人とする登記は通常どおり課税されます。

この例では、措置①を使うことで登録免許税が半分になります。相続が3代、4代と重なっている土地では、中間の登記がそれだけ増えるため、免税による軽減の効果も大きくなります。

なお、同じ土地の評価額が100万円以下であれば、中間の登記には措置①、最終の登記には次章で解説する措置②を適用し、2回の登記をいずれも免税で行える場合があります。祖父名義の山林や原野など評価額の低い土地では、2つの措置を組み合わせられるかどうかを最初に確認しておくと、費用の見通しを立てやすくなります。

中間省略登記との関係

数次相続では、中間の相続人が一人だけであるなど一定の場合に、祖父から子へ直接名義を移す登記（いわゆる中間省略登記）が認められることがあります。この場合は中間の登記自体を行わないため、措置①の出番はありません。どちらの方法をとれるかは、遺産分割の経過や相続人の数によって変わります。登記の組み立ては、数次相続の登記に詳しい司法書士に確認すると安心です。

第3章　措置②　価額が100万円以下の土地の相続登記

100万円以下の土地は相続登記が免税

措置②は、不動産の価額が100万円以下の土地について、相続による所有権移転登記の登録免許税を免除するものです。地方の山林や原野、小さな農地、私道の持分など、評価額は低いものの筆数が多く、登記の手間と費用が見合わないために放置されがちな土地の相続登記を後押しする狙いがあります。

「価額」は固定資産評価額で、1筆ごとに判定する

ここでいう「価額」は、登録免許税の課税標準となる金額、つまり固定資産評価額をもとにした金額です。判定は土地1筆ごとに行います。同じ申請書で複数の土地を登記する場合でも、合計額で判断するのではなく、100万円以下の土地は免税、100万円を超える土地は課税という形で個別に扱われます。

持分で相続する場合は持分に応じた額で判定

土地の共有持分を相続する場合は、土地全体の評価額ではなく、持分に応じた価額で100万円以下かどうかを判定するとされています。たとえば評価額300万円の土地について、亡くなった方が持っていた3分の1の持分を相続する場合、持分の価額は100万円となり、免税の対象になります。一方で、評価額300万円の土地の全体を相続する場合は、100万円を超えるため課税されます。私道や共有地の持分を相続する際には、見落とされやすいポイントです。

計算例｜通常の税率との比較

1筆あたりの金額は小さく見えますが、山林や原野が10筆、20筆とある場合には、評価額を合計した課税標準に応じて税額が計算されるため、合計すると無視できない金額になることがあります。100万円以下の土地がいくつあるかを整理してから申請書を作ると、免税の記載漏れを防げます。

対象が全国の土地に広がった経緯

措置②は、創設された当初、市街化区域外の土地のうち法務大臣が指定する土地に限って適用される仕組みでした。その後の税制改正で指定の要件が見直され、現在は地域の限定なく、全国の土地が対象とされています。都市部の宅地であっても、評価額（持分の場合は持分に応じた額）が100万円以下であれば適用を検討できます。かつての要件を前提にした古い解説も残っているため、最新の法務局の案内で確認しておくと安心です。

第4章　登記申請書への書き方と、書き忘れた時の還付

免税は申請書に書かなければ適用されない

免税措置は、法務局が自動的に判断して適用してくれるものではありません。登記申請書の登録免許税の欄に、免税の根拠となる条文を記載することで初めて適用されます。記載がなければ、法務局は通常どおり課税されるものとして審査し、不足があれば納付を求められます。

根拠条文の書き方の例

法務局が公表している記載例では、次のように書くのが一般的です。申請書の「課税価格」「登録免許税」の欄に続けて記載します。

課税の土地と免税の土地をまとめて申請する場合は、どの土地が免税なのかを地番で特定し、課税価格と税額は課税の土地だけで計算します。免税の土地の評価額を課税価格に含めてしまうと、納めすぎの原因になります。なお、申請書の書式や記載方法は法務局のホームページで公開されているため、ご自身で申請する場合は最新の記載例を参考にしてください。

記載を忘れて納めすぎた場合の還付

免税の記載を忘れ、本来は納める必要のない登録免許税を納めてしまった場合は、還付を受けられる可能性があります。登録免許税法では、納めすぎた登録免許税があるときに、登記を受けた方が一定期間内に登記官へ申し出ることで、登記官から税務署に通知が行われ、還付につながる仕組みが定められています。

還付の請求は、登記を申請した法務局に対して行います。手続きには、納めすぎた理由を示す資料や、還付金を受け取る口座の情報などが必要です。一方で、登記の完了後に時間が経つと、手続きに必要な資料をそろえるのに手間がかかります。申請の段階で記載を確認しておくことが、最も負担の少ない方法です。

第5章　評価額の調べ方と、相続登記義務化との関係

固定資産評価証明書で評価額を確認する

免税の判定にも税額の計算にも、土地の固定資産評価額が必要です。評価額は、土地が所在する市区町村の役所（東京23区の場合は都税事務所）で取得できる固定資産評価証明書で確認します。登記申請の際には、この証明書を添付して課税標準の根拠を示すのが一般的です。相続人であれば、亡くなった方との関係を示す戸籍などを提示して請求できます。

毎年春ごろに届く固定資産税の納税通知書に同封された課税明細書でも、評価額（価格）を確認できます。ただし、登記申請では申請する年度の価格を用いるため、年度が替わる前後に申請する場合は、どの年度の価格を使うかに注意が必要です。

名寄帳で土地の漏れを防ぐ

亡くなった方がどの市区町村にどれだけの土地を持っていたかを把握するには、名寄帳（なよせちょう）が役立ちます。名寄帳は、同じ所有者が同じ市区町村内に持つ不動産を一覧にしたもので、固定資産税がかからない小さな土地や私道も載っていることがあります。納税通知書に記載されない土地を見つける手がかりになり、100万円以下の免税対象となる土地の洗い出しにも使えます。

固定資産税がかからない土地でも登記は必要

固定資産税には、同じ市区町村内の土地の課税標準額の合計が30万円未満であれば課税されない免税点という仕組みがあります。そのため、納税通知書が届かない土地もありますが、固定資産税がかからないことと、相続登記が不要であることは別の話です。こうした土地こそ評価額が低く、措置②で登録免許税が免税になる可能性があります。また、公衆用道路として評価額が付されていない土地などは、近隣の土地の価格をもとに課税標準を算定する扱いとなるため、法務局に確認しながら進めるのが安心です。

相続登記の義務化・過料との関係

2024年4月1日から、相続登記が義務化されました。相続によって不動産を取得したことを知った日から3年以内に相続登記を申請する必要があり、正当な理由なく怠ると10万円以下の過料の対象となります。義務化の前に開始した相続も対象で、その場合は2027年3月31日までが期限とされています。

注目したいのは、義務化前の相続についての期限と、2つの免税措置の適用期限が、いずれも2027年3月31日である点です。祖父母の代から名義が変わっていない土地や、評価額の低い土地を抱えている場合、この時期までに登記を済ませれば、義務を果たすと同時に免税措置を活用できます。遺産分割がまとまらない場合は、相続人であることを申し出る相続人申告登記によって義務を果たす方法もあります。

第6章　よくある質問（Q&A）

Q1．評価額100万円を超える土地を3人で相続します。1人あたり100万円以下なら免税ですか？

亡くなった方が土地全体を所有していた場合、相続によって移転するのは土地全体の所有権です。この場合は土地全体の価額で判定するのが原則と考えられ、相続人それぞれの取得分に分けて判定できるとは限りません。一方、亡くなった方がもともと持分だけを持っていた場合は、その持分に応じた価額で判定します。具体的な判定は、申請前に法務局へ確認することをおすすめします。

Q2．建物の評価額が20万円しかありません。建物も免税になりますか？

なりません。2つの免税措置は、いずれも土地に限った特例です。建物は評価額がいくら低くても、評価額の0.4%（最低1,000円）の登録免許税がかかります。

Q3．遺言で相続人以外の方に土地を遺贈する場合も免税になりますか？

条文上、対象となる相続には「相続人に対する遺贈」が含まれるとされています。相続人以外の方への遺贈は相続とは扱われず、税率も異なります（原則2%）。免税措置の対象にもならないと考えられるため、登記の前に確認が必要です。

Q4．相続人申告登記をした場合も免税措置は関係しますか？

相続人申告登記は、登記官が職権で行う登記であり、登録免許税はかかりません。その後、遺産分割がまとまって相続登記を申請する段階で、要件を満たせば免税措置を利用できます。

Q5．2027年3月31日を過ぎたら免税は受けられなくなりますか？

2026年9月時点では、2027年3月31日までに受ける登記が対象とされています。これまでも税制改正によって期限が延長されてきましたが、今後も延長されるかどうかは決まっていません。対象となる土地がある場合は、期限を意識して早めに準備を始めるのが現実的です。

Q6．自分で申請した後に、免税を書き忘れたことに気づきました。

登記を受けた日から5年以内であれば、登記官に対して還付のための通知を請求できます（登録免許税法第31条第2項）。申請した法務局に相談し、必要な書類を確認してください。

まとめ

相続登記の登録免許税は、原則として固定資産評価額の0.4%です。ただし、租税特別措置法第84条の2の3により、相続登記をしないまま亡くなった方を名義人とする登記（第1項）と、価額が100万円以下の土地の相続登記（第2項）については、登録免許税が免税になります。いずれも土地に限った特例で、建物は対象になりません。

免税措置は、登記申請書に根拠条文を記載して初めて適用されます。100万円以下かどうかは固定資産評価額をもとに1筆ごとに判定し、持分の場合は持分に応じた価額で判断します。評価額は固定資産評価証明書で確認し、名寄帳で土地の漏れを防ぐことが大切です。

相続登記の義務化によって、義務化前の相続についても2027年3月31日までの登記が求められています。免税措置の適用期限も同じ日とされているため（2026年9月時点）、名義が古いまま残っている土地は、この機会に整理を進める価値があります。

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