遺産分割をやり直すと不動産の登記はどうなる？登録免許税・不動産取得税・贈与税の扱いを整理

「いったん兄の単独名義で実家の相続登記を済ませたが、やはり兄弟の共有にし直したい」「遺産分割協議をやり直したら、法務局での名義変更はどう申請するのか。税金は二重にかからないのか」——遺産分割がまとまった後に事情が変わり、分け方を見直したいというご相談は少なくありません。

結論からお伝えすると、遺産分割協議は相続人全員の合意があればやり直すことができます。ただし、不動産の名義をどの手続きで書き換えるかは、相続登記が済んでいるかどうか、やり直しの理由が何かによって分かれます。さらに税務上は、やり直しによる財産の移動が原則として相続ではなく贈与や交換として扱われるため、贈与税に加えて、登録免許税や不動産取得税の負担が増える可能性があります。

本記事では、①やり直しができる法的な根拠 → ②相続登記の前後で変わる登記の方法 → ③登録免許税 → ④不動産取得税と贈与税・譲渡所得 → ⑤やり直しを避ける協議書の工夫という流れで、不動産の登記と税金に絞って整理します。登記と税の取扱いは個別の事情で結論が変わるため、実際の手続きの前に法務局・都道府県税事務所・税理士・司法書士へ確認することを前提にお読みください。

目次

第1章　遺産分割のやり直しはできる｜合意解除と無効・取消しの違い
第2章　不動産の登記はどうする｜相続登記の前後で分かれる方法
第3章　登録免許税｜相続0.4%・贈与等2%・抹消と更正は1,000円
第4章　不動産取得税・贈与税・譲渡所得の扱い
第5章　やり直しを避ける協議書の工夫と3つのケース
第6章　よくある質問（Q&A）
まとめ

第1章　遺産分割のやり直しはできる｜合意解除と無効・取消しの違い

相続人全員が合意すれば再協議できる

遺産分割協議は、相続人全員の合意で成立する契約の一種です。いったん成立した協議を、相続人の一部が一方的に取りやめることはできません。しかし、相続人の全員が納得しているのであれば、成立した協議を合意によって解除し、改めて分け方を決め直すことが認められています。

一方で、協議で決めた代償金を相手が支払わないといった債務の不履行を理由に、一部の相続人が協議を解除することは認められないとされています（最高裁平成元年2月9日判決）。やり直しには、あくまで相続人全員の合意が欠かせません。

税務上は「新たな財産の移転」とみるのが原則

民法上はやり直しが認められても、税務上の評価は別です。当初の遺産分割が有効に成立した時点で、各相続人が取得する財産は確定しています。その後に財産を再配分することは、確定した自分の財産を他の相続人へ渡す行為とみられ、原則として贈与・交換・譲渡などの新たな取引として扱われます。

この考え方は、もともと配偶者の税額軽減に関する通達に置かれたものですが、やり直し全般の課税を考える際のよりどころとされています。登記や地方税の場面でも、同じ発想で「相続による取得か、それとも相続人どうしの新たな移転か」が問われることになります。

無効・取消しの原因がある場合は別の扱い

「やり直し」と区別しなければならないのが、当初の協議そのものに問題があった場合です。この場合は、有効に成立した協議を解除するのではなく、当初の協議が最初から効力を持たない、またはさかのぼって効力を失うことになります。

錯誤による取消しは民法第95条、詐欺・強迫による取消しは同法第96条に定めがあります。ただし、税負担を避ける目的で後から「錯誤だった」と主張しても、そのまま認められるとは限りません。無効や取消しに当たるかどうかは、協議当時の事実関係と証拠に基づいて判断されます。自己判断で進めず、税理士や弁護士に相談することが重要です。

第2章　不動産の登記はどうする｜相続登記の前後で分かれる方法

相続登記の前なら、やり直し後の協議書で申請する

当初の協議に基づく相続登記をまだ申請していない場合、登記の手続きは比較的単純です。やり直した後の遺産分割協議書と相続人全員の印鑑証明書を添付して、亡くなった方から新たな取得者へ、相続を原因とする所有権移転登記を申請します。登記記録の上では、当初の協議の内容は現れません。

ただし、登記が1回で済むことと、税務上の扱いは別の問題です。当初の協議が有効に成立していた場合、とくに相続税の申告を当初の協議の内容で済ませている場合は、登記の前であっても、やり直しによる財産の移動が贈与などとして課税の対象になる可能性があります。「まだ登記していないから問題ない」とは言い切れない点に注意が必要です。

相続登記が済んでいる場合の3つの方法

すでに当初の協議に基づいて相続登記を済ませている場合は、登記記録に現れている名義を書き換える必要があります。考えられる方法は、大きく次の3つです。

①の方法は、合意解除によって当初の相続登記の原因がなくなったとして登記を抹消し、亡くなった方の名義に戻したうえで、改めて相続登記を申請する流れです。②の更正登記は、登記した時点から内容の一部が実体と合っていなかった場合に用いる手続きで、当初の協議に無効や取消しの原因があった場面になじみます。③は、やり直しの実質が現在の名義人から他の相続人への財産の移転であるとみて、通常の贈与や交換と同じように登記する方法です。

どの方法になるかは事前相談で確認する

どの方法を選べるかは、やり直しの理由、当初の登記の内容、名義がどのように変わるか、抵当権などの権利が付いているかによって異なります。申請人が自由に選べるわけではなく、登記原因として何が実体に合っているかが問われます。また、登記の原因をどう記載するかは、後の税金の判断にも影響します。

申請してから補正や取下げを求められると、時間も費用も余分にかかります。やり直しの協議書に署名押印する前に、司法書士へ相談するか、不動産の所在地を管轄する法務局の登記相談を利用し、想定している登記が受理される見込みかどうかを確かめておくことをおすすめします。

第3章　登録免許税｜相続0.4%・贈与等2%・抹消と更正は1,000円

登記の種類ごとに税率が決まっている

登録免許税は、登記を申請する際に納める国税です。所有権の移転登記では、原則として固定資産課税台帳に登録された価格を課税標準とし、登記の原因に応じた税率を掛けて計算します。やり直しに関係する主な税率は次のとおりです。

方法ごとの負担を比べる

仮に、固定資産税評価額が土地1,200万円・建物800万円、合計2,000万円の実家について、当初の相続登記を済ませた後で名義を全部入れ替えるとします。登録免許税の概算は次のようになります。

このほか、当初の相続登記で納めた登録免許税（上の例では8万円）は、登記が完了している以上、原則として戻ってきません。司法書士に依頼する場合は報酬も改めて必要になります。持分の一部だけを移す場合は、移転する持分に対応する価額が課税標準になります。

表だけを見ると更正登記の負担がもっとも軽く見えますが、更正登記は「当初から登記の一部が誤っていた」場合の手続きです。税額が低いという理由だけで登記の方法を選ぶことはできません。実体と異なる原因で申請すると、登記が受理されないだけでなく、後から課税上の問題を指摘されるおそれもあります。

第4章　不動産取得税・贈与税・譲渡所得の扱い

相続による取得は不動産取得税が非課税

不動産取得税は、土地や家屋を取得した人に対して、その不動産が所在する都道府県が課す税金です。売買・贈与・交換・新築などによる取得が対象になりますが、相続による取得は課税されません。

やり直しによる取得は課税対象になり得る

問題は、やり直しによって不動産を取得した相続人の扱いです。その取得が、相続人どうしの贈与や交換によるものと評価されると、相続による取得には当たらず、不動産取得税の課税対象になる可能性があります。贈与や交換を原因とする所有権移転登記をした場合は、登記の情報が都道府県に伝わり、後日、納税通知書が届くのが通常の流れです。

一方、合意解除による抹消と再度の相続登記、あるいは更正登記によった場合に、不動産取得税がどう扱われるかは、一律には言えません。都道府県は登記の形式だけでなく、取得の実質を見て判断するとされています。当初の協議に無効や取消しの原因があったのか、単なる再配分なのかによって結論が変わり得るため、登記の前に不動産の所在地を管轄する都道府県税事務所へ確認しておくと安心です。

税率と計算の目安

不動産取得税の税率は、本則が4%です。土地と住宅については3%とする特例が、地方税法の附則で期限を区切って設けられています。宅地の課税標準を2分の1とする特例も同様です。いずれも延長が繰り返されてきた措置のため、適用期限は申請の時点で都道府県の案内を確認してください。

第3章と同じ評価額（宅地1,200万円・住宅800万円）で、全部を贈与により取得したと評価された場合を単純に計算すると、土地は1,200万円×2分の1×3%で18万円、家屋は控除を考慮しなければ800万円×3%で24万円、合計42万円が目安になります。住宅や住宅用土地の軽減を受けられる場合は、これより少なくなります。

贈与税の基礎控除は年110万円

やり直しが贈与と扱われる場合、財産を受け取った相続人には贈与税がかかります。贈与税の基礎控除は年110万円で、その年に受けた贈与の合計がこの額を超えると申告と納税が必要です（相続税法第21条の5、租税特別措置法第70条の2の4）。不動産は評価額が大きいため、持分の一部の移転でも基礎控除を超えることが珍しくありません。贈与税の全体像については、関連記事であわせてご確認ください。

交換の場合は譲渡所得にも注意

「兄が相続した実家と、弟が相続した別の土地を入れ替える」といったやり直しは、税務上、交換として扱われる可能性があります。交換は、自分の財産を手放して別の財産を得る取引であり、手放した側には譲渡所得が生じ得ます（所得税法第33条）。値上がりしている不動産では、現金が動いていないのに所得税と住民税が生じることがあります。

固定資産どうしの交換には、一定の要件を満たすと譲渡がなかったものとみなす特例（所得税法第58条）もありますが、保有期間や用途、価額の差などの要件が細かく定められています。適用の可否は税理士に確認してください。

第5章　やり直しを避ける協議書の工夫と3つのケース

協議書に入れておきたい3つの条項

やり直しに伴う負担の多くは、当初の協議書の書き方で避けられます。「いったん誰かの名義にして、後で調整する」という進め方は、後の調整が贈与と扱われるおそれがあるため、調整の内容そのものを当初の協議書に書き込んでおくことが基本です。

とくに、売却を前提に相続人の1人の名義で相続登記をする場合は注意が必要です。協議書に換価分割である旨の記載がないと、名義人が単独で相続して売却し、その代金を他の相続人に贈与したとみられるおそれがあります。不動産を売って分ける方針であれば、協議書の段階でその趣旨を明確にしておきます。

ケース1　相続登記の前に分け方を見直した場合

埼玉県内のＡさん兄弟は、父の自宅を長男が取得する内容で協議書を作成しましたが、登記を申請する前に、長男の転勤が決まりました。そこで兄弟で話し合い、自宅は近くに住む次男が取得することに改めました。登記は、新しい協議書を添付して父から次男へ相続登記を申請する形になります。

この場合に確認したいのは税務です。相続税の申告前で、当初の協議が確定的に成立していたといえるかどうかが微妙な段階であれば、協議の途中での修正とみる余地もあります。反対に、当初の内容で申告まで済ませていた場合は、再配分として扱われる可能性が高まります。どちらに当たるかは事実関係によるため、税理士への確認が欠かせません。

ケース2　単独名義で登記した後に共有へ変えたい場合

東京都内のＢさんは、母の自宅を単独で相続し、登記も済ませました。数年後、妹から「やはり半分は自分の名義にしてほしい」と求められ、兄妹で協議をやり直すことにしました。当初の協議に無効や取消しの原因はなく、単なる分け方の変更です。

このような場面では、Ｂさんから妹へ持分2分の1を贈与したものとして扱われるのが原則と考えられます。登記は贈与を原因とする持分の移転となり、登録免許税は移転する持分の価額の2%、妹には不動産取得税と贈与税が生じる可能性があります。共有にする必要性と税負担を比べ、代償金の支払いなど別の方法も含めて検討する価値があります。

ケース3　協議に参加していない相続人が見つかった場合

関東近郊のＣさん一家は、父の遺産分割を終えて相続登記も済ませた後で、父に前の婚姻でもうけた子がいることを知りました。相続人の一部を欠いた遺産分割協議は無効とされるため、その子を加えた全員で協議をし直す必要があります。

この場合は、有効な協議の「やり直し」ではなく、改めて行う協議が本来の遺産分割になります。登記は、当初の相続登記の抹消と再度の相続登記、または更正登記によることが考えられ、新しい協議による取得は相続による取得として扱われるのが原則です。相続税の申告をしていた場合は、修正申告や更正の請求が必要になることもあります。

第6章　よくある質問（Q&A）

Q1．遺産分割のやり直しに期限はありますか？

合意解除による再協議そのものに、法律上の期限は定められていません。ただし、時間が経つほど再配分とみられやすくなり、不動産が第三者に渡っていたり、相続人が亡くなって関係者が増えたりすると、やり直し自体が難しくなります。

Q2．相続税がかからない家庭なら、やり直しても税金は生じませんか？

そうとは限りません。相続税の有無にかかわらず、やり直しによる移転が贈与と扱われれば、受け取った側に贈与税が生じる可能性があります。登録免許税や不動産取得税も、相続税とは別に判断されます。

Q3．登記の原因を「錯誤」や「合意解除」にすれば税金はかかりませんか？

登記の原因の書き方だけで課税関係が決まるわけではありません。税務署や都道府県は取引の実質を見て判断するとされています。実体と異なる原因で申請することは避け、事前に専門家へ相談してください。

Q4．当初の相続登記で納めた登録免許税は返してもらえますか？

登記が完了している場合、原則として還付は受けられません。還付の対象になるのは、申請の却下や取下げ、過大に納付した場合などに限られます（登録免許税法第31条）。

Q5．まずどこに相談すればよいですか？

登記の方法は司法書士または法務局、贈与税や譲渡所得は税理士または税務署、不動産取得税は都道府県税事務所が窓口です。結論が互いに影響するため、協議書に押印する前に並行して確認することをおすすめします。

まとめ

遺産分割協議は、相続人全員の合意があればやり直すことができます。しかし税務上は、当初の分割で確定した財産の再配分とみられ、原則として贈与や交換として扱われます。相続人の漏れや錯誤など、当初の協議に無効・取消しの原因がある場合に限り、改めて行う協議が本来の遺産分割として扱われます。

不動産の登記は、相続登記の前であれば新しい協議書で申請します。登記済みの場合は、抹消と再度の相続登記、更正登記、贈与や交換による所有権移転のいずれかとなり、事案によって方法が分かれます。登録免許税は相続0.4%に対して贈与等は2%、不動産取得税は相続なら非課税ですが、贈与や交換と評価されると課税対象になり得ます。

こうした負担は、当初の協議書に代償分割や換価分割の内容、新たな遺産が見つかった場合の扱いを書き込んでおくことで、多くを避けられます。やり直しを検討する場合は、署名押印の前に専門家と窓口への確認を済ませることが大切です。

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